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Le récent rapport annuel sur les zoonoses publié par l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) montre que Salmonella constitue la seconde infection zoonotique la plus fréquemment signalée chez l'homme en Europe. En France, Salmonella  reste également la cause la plus fréquente de foyers de toxi-infections alimentaires. Elle est retrouvée le plus souvent dans les produits carnés : viande de poulet, de dinde et de porc. La surveillance fine des isolats exige actuellement une caractérisation moléculaire des souches. La technique d’Electrophorèse sur Gel en Champ Pulsé (PFGE) est considérée comme standard au niveau national et international, pour le typage moléculaire des souches de Salmonella .

L’Ifip et le laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses possèdent tous les deux des bases de données contenant des profils moléculaires, des données de sérotypage et des informations épidémiologiques associées pour Salmonella . Dans le cadre de l’UMT TERESA*, ils ont développé une base de données commune de surveillance épidémiologique de Salmonella . Dans un premier temps, les deux partenaires se sont attachés à harmoniser leur protocole de pulsotypage, depuis les premières étapes de la manipulation jusqu’à la lecture et la nomenclature des profils obtenus. Cela a permis dans un deuxième temps de réaliser des échanges de profils PFGE entre les deux bases et la mise en place d’une base unique multi-filières.

Le concept de cette base a été largement inspiré de celle mise en place par le réseau américain de surveillance PulseNet US. Les modalités de fonctionnement de la base, les droits des utilisateurs, ceux de l’administrateur, les nomenclatures des souches et des profils, la propriété intellectuelle des données, la confidentialité de certaines informations liées au contexte d’isolement des souches, la maintenance, le support technique et la gestion ont été élaborés en concertation entre l’Ifip, l’Anses et trois autres instituts techniques : Actilait, Aerial et Adria Développement. Une période test d’utilisation de la base entre les cinq partenaires est actuellement en cours, permettant ainsi de déterminer les derniers ajustements et modalités de fonctionnements, de façon à prévoir une base de données nationale parfaitement opérationnelle.

A partir de septembre 2011, l’accès à cette base sera ensuite possible à tout laboratoire intéressé remplissant certaines conditions. La participation à ce réseau permettra aux laboratoires de consulter et visualiser l’ensemble des profils types disponibles dans la base, de comparer les profils moléculaires de ses souches à ceux de la base et de soumettre des profils moléculaires des souches, analysées dans le laboratoire, associés aux renseignements épidémiologiques.

Le laboratoire de sécurité des aliments coordonnera le fonctionnement en tant qu’administrateur de cette base. Il validera donc chaque nouveau profil soumis et donnera un code approprié, harmonisé avec le projet européen Salm-gene.

Des séances de formation au protocole PFGE ainsi qu’à l’utilisation de la base pourront être organisées par l’Anses et l’Ifip, à la demande des laboratoires intéressés.

Cette base de données nationale est un des éléments du dispositif de surveillance. Elle devrait permettre d’obtenir des informations aussi complètes que possible sur les profils moléculaires des souches circulant dans la chaîne alimentaire ainsi que d’évaluer la diversité des souches, en fonction des filières alimentaires et leurs liens de parenté éventuels. Cette activité d’épidémio-surveillance élargie devrait permettre de renforcer la surveillance des salmonelles au niveau national.

* Unité Mixte Technologique « Expertise des Risques en Sécurité de l’Alimentation »