Depuis 2014, Bastien mène des travaux de recherche au sein de l'unité QualiSud au Cirad à la Réunion sous la supervision de Marc Chillet et sous la direction de Sabine Galindo.
 Au cours de sa thèse, Bastien a eu l’occasion de réaliser plusieurs séjours à l’étranger dans des Universités partenaires. Du 25 janvier au 31 mars 2016, il a collaboré avec le département de phytopathologie de l’Université de Stellenbosch en Afrique de Sud pour comparer les espèces de champignons présents sur l’ile de la Réunion aux souches sud-africaines. En avril 2017, il a réalisé une caractérisation des espèces de champignons infectant les ananas mauriciens ainsi que des tests de virulence à l’Université de Maurice.

Ces séjours se sont inscrits dans le cadre de son parcours doctoral à l'école internationale de recherche d'Agreenium.

Résumé de la thèse

La maladie de la tache noire est un problème majeur qui touche les ananas de l’ile de la Réunion. Elle est provoquée par des champignons qui pénètrent la fleur puis restent latents jusqu'à la maturation du fruit. La maladie de la tache noire affecte les fruits d’ananas matures, les rendant impropres à la consommation. Actuellement, aucune méthode de contrôle n'est disponible pour cette maladie. Une meilleure connaissance du pathosystème est nécessaire pour trouver des moyens de lutte efficaces.

Des entretiens et échantillonnages menés auprès de producteurs durant l’hiver austral révèlent une prévalence de la maladie de 74%. Les champignons pathogènes appartiennent à plusieurs espèces : Fusarium ananatum (72% des isolats), Talaromyces stollii (21%), F. oxysporum (6%) et F. proliferatum (1%). Leur potentiel toxinogène a été déterminé, les champignons du genre Fusarium ont produit des mycotoxines identifiées comme les fumonisines FB1, FB2 et la beauvericine. Sur un milieu de culture ananas, une concentration en beauvericine de 34959 µg kg-1 a été mesurée pour l’espèce F. proliferatum.

Une méthode d’inoculation de Fusarium ananatum directement dans le parenchyme a permis de décrire la réponse biochimique du fruit. La voie des phénylpropanoïdes est sollicitée, particulièrement avec l’élicitation du caffeoylisocitrate et du coumaroylisocitrate dans la zone infectée. Une comparaison des profils métaboliques montre que la réponse du fruit à une inoculation est plus importante chez le cultivar résistant ‘MD-2’ que chez le cultivar sensible ‘Queen’. La majorité des métabolites élicités par l’attaque sont déjà présents dans les fruits sains matures de la variété résistante. Le potentiel antifongique des composés phénoliques a été évalué. Les acides coumarique, caféoylquinique et férulique inhibent la croissance du mycélium à des concentrations similaires à celle trouvées dans les fruits infectés.

Une approche par imagerie a permis de caractériser l’anatomie des fruits des deux cultivars et notamment la fusion imparfaite des sépales et bractée chez le cultivar sensible ‘Queen’. Les nectaires et les parois carpellaires jouent un rôle clef dans le processus d'infection et de colonisation de Fusarium ananatum.