La culture du cacao à Madagascar représente une production annuelle moyenne de 6000  tonnes, soit 0,12%  de  la  production  mondiale.  Cette  production  provient  de 3 variétés cultivées en mélange dans les plantations existantes : (i) le « Criollo », peu productif et sensible aux aléas biotiques et abiotiques mais très recherché pour son arôme prononcé et sa faible amertume, (ii) le « Forastero », variété robuste donnant du  chocolat amer peu  apprécié  dans  le  commerce  international,  et  (iii)  le « Trinitario »,  hybrides  entre  ces  deux  variétés. Le  cacao  de Madagascar  est  ainsi considéré comme étant parmi les meilleurs du monde. Cependant, le vieillissement des arbres, la densification des plantations et la création de nouvelles cacaoyères à partir de semences prélevées sur des arbres mères issus des vieilles plantations, et la  diversité  des  procédés  post-récoltes  appliqués  tendent  à  ternir  cette  réputation.

Le FOFIFA, ESSA, IMRA, le CIRAD et plusieurs industriels et producteurs du secteur cacao se sont associés pour proposer un programme de recherche pour l’amélioration et la pérennisation de la qualité du Cacao malgache par le biais de sélection de matériel  végétal  adéquat  accompagnée  de  procédés  pré- et post-récoltes appropriés. Ce projet est soutenu par le Fond de Solidarité Prioritaire PARRUR du Ministère des Affaires étrangères Français. Tous  ambitionnent désormais de  rehausser la  qualité  organoleptique du Cacao  de Madagascar par  la détermination  d’un  paquet  technique  de  procédés  post-récoltes susceptibles d’être  facilement  adoptés  par  les  producteurs.